尔云间 一个专门做科研的团队
原创 小果 生信果
(资料图片)
小伙伴们,大家平时肯定经常接触一些有关富集的分析吧,常见的富集主要有GO富集和KEGG富集分析,就是对基因的功能和所属通路进行分析,富集图的表现形式多种多样,有些小伙伴们可能也没有见过。今天小果就带大家见识见识。
首先看一下比较常见的,气泡图。
这个图小伙伴应该基本都见过,横坐标是基因比例,就是富集在该项上的基因数比总基因数,其实反映的就是富集基因数。纵坐标就是这些项了,同时点的大小也反映了富集在该项上的基因数,富集到的基因越多,这个点就越大,而颜色反映了P值的大小,P值越小,-log10(pvalue)就越大,颜色也就越蓝,注意,这里的蓝只是这个图里的,更多的图是颜色越红越显著,注意看图例就行了。
除了气泡图以外,常见的还有柱状图
这就是常见的柱状图了,GO分为三部分,BP,CC,和MF,这三部分在图中用三种颜色显示出来,而横坐标是-log10(pvalue),这个值越大,P值就越小,也就越显著,但是这个图就显示不出来富集到的基因数了。
上面的图各有优缺点,但它们都有一个共同的缺点,那就是不能显示GO项上富集到了具体哪些基因。
上面这个是圈图,它就能解决这些问题,但基因数和GO项的分类就体现不出来了。
好了,小果今天给大家介绍的就是富集图的主要形式了,小伙伴们有什么问题都可以来和小果分享讨论哟。
推荐阅读
独木成林,小果教您用genemania把少量基因做成PPI网络图
关系乱如网,其实一眼清,网络图解读
GEO数据库之GPL文件学习
简单使用ICGC数据库进行数据查询与下载
快速学习如何确定差异分析阈值来筛选差异基因
关注小果,小果将会持续为你带来更多生信干货哦。
生信果生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核知识技能、服务器等原创内容
关键词:
-
多种花样都能懂,富集图的看法-每日速递2023-03-28
-
lenovo联想官方网站打印机驱动下载(联想打印机驱动官方网站) 环球今日讯2023-03-28
-
医院为阳性高考生设置独立考场 感人的一幕_全球观热点2023-03-28
-
今日热闻!健康睡眠 从养成好习惯做起2023-03-28